科研進(jìn)展
西北高原所青海湖裸鯉適應(yīng)性進(jìn)化研究取得進(jìn)展
青海湖裸鯉(Gymnocypris przewalskii),隸屬于鯉科裂腹魚亞科,是國(guó)家二級(jí)保護(hù)動(dòng)物,僅分布于典型高原咸水湖泊—青海湖中,是維持青海湖“水-鳥-魚”生態(tài)鏈穩(wěn)定的核心物種。青海湖裸鯉是鯉科魚類中唯一一種適應(yīng)青海湖高鹽堿水環(huán)境的自然群體,是研究高原魚類適應(yīng)進(jìn)化的良好素材。青海湖裸鯉為同源四倍體,基因組復(fù)雜度較高,因此長(zhǎng)期以來一直缺乏高質(zhì)量的青海湖裸鯉基因組。
中國(guó)科學(xué)院西北高原生物研究所高原魚類進(jìn)化與功能基因組學(xué)科組通過運(yùn)用二代(illumina)、三代測(cè)序技術(shù)(PacBio),并結(jié)合Hi-C互作圖譜技術(shù)輔助基因組組裝,獲得了一個(gè)高質(zhì)量青海湖裸鯉基因組。青海湖裸鯉基因組共2.03G,掛載到46條染色體,包含56397基因,共線性分析顯示基因組加倍發(fā)生在7.14 Mya,系統(tǒng)進(jìn)化分析顯示青海湖裸鯉可能起源于白甲魚(Onychostoma macrolepis)。利用構(gòu)建的青海湖裸鯉基因組與鯉魚和斑馬魚基因組進(jìn)行比較分析發(fā)現(xiàn),青海湖裸鯉加倍基因主要富集于DNA修復(fù),轉(zhuǎn)運(yùn)等與高原環(huán)境適應(yīng)相關(guān)通路。基因家族擴(kuò)張和正選擇分析,發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)運(yùn)基因相關(guān)基因家族,如SLC4a基因家族、CLC基因家族等均發(fā)生擴(kuò)張,水通道蛋白AQP3等受到正選擇,可能與其高鹽環(huán)境適應(yīng)相關(guān)。研究結(jié)果將有助于進(jìn)一步研究高原魚類的適應(yīng)性進(jìn)化,并為魚類的耐逆分子育種提供素材。
該研究以Chromosome-level genome of Tibetan naked carp (Gymnocypris przewalskii) provides insights into Tibetan highland adaptation為題發(fā)表于基因組學(xué)領(lǐng)域?qū)I(yè)期刊DNA Research(中科院二區(qū),IF=5.358)。趙凱研究員為文章通訊作者,田菲副研究員和劉思嘉助理研究員為文章的共同第一作者。該研究得到國(guó)家自然科學(xué)基金委面上項(xiàng)目、中國(guó)科學(xué)院西部之光、青海省重大專項(xiàng)計(jì)劃資助。
圖1 青海湖裸鯉基因組及進(jìn)化分析
圖2 青海湖裸鯉基因組加倍和共線性分析